La version 1.4 du Thésaurus INRAE est disponible

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Utiliser l’API.

Cette nouvelle version inclut :

  • 155 nouvelles définitions principalement dans les domaines de la santé et les sciences du sol. Les sources utilisées sont l’Organisation Mondiale de la Santé, Ephytia,  Plateforme d’Épidémiosurveillance en Santé Végétale, European Food Safety Authority, Association pour l’Étude de l’Épidémiologie des Maladies Animales pour le domaine santé et le Petit lexique de pédologie.
    L’ensemble des concepts définis sont visibles depuis l’onglet « Groupes » sous « GR. CONCEPTS DEFINIS ».
  • des améliorations de l’organisation des concepts notamment avec un travail de reclassement des concepts autour de l’élevage et des systèmes d’élevages qui a été réalisé en collaboration avec Stéphane Ingrand du département Phase.
  • l’ajout de nouveaux 31 concepts

Nouveauté ! Intégrez le thésaurus dans votre système d’information avec l’API Thésaurus INRAE

Le thésaurus INRAE est un thésaurus ouvert et partagé couvrant les domaines de recherche d’INRAE avec plus de 15 000 concepts en français et en anglais (2/3 des concepts sont déjà traduits). Cette ressource institutionnelle est administrée par un comité éditorial piloté par la DipSO. Elle est mise à disposition des équipes scientifiques et d’appui INRAE pour référencer de manière unique les sujets d’intérêt : objets d’étude, méthodes et environnements de recherche.

Des questions sur la manière d’utiliser le thésaurus dans le cadre de vos activités ?  Vous souhaitez proposer des ajouts, des corrections ? Contactez le comité : thesaurusINRAE[AT]inrae.fr

En savoir plus sur le thésaurus : https://vocabulaires-ouverts.inrae.fr/a-propos-du-thesaurus-inrae/

L’API Thésaurus INRAE fait son entrée au catalogue

Le catalogue des APIs mises à disposition des système d’information INRAE s’est enrichi avec les données du Thésaurus INRAE.

 

Accessible en intranet, l’API permet d’utiliser le Thésaurus INRAE comme référentiel thématique au sein d’un SI ou d’une application informatique. Vous disposez ainsi d’une base mutualisée de concepts couvrant les domaines d’étude d’INRAE. Chaque concept a un identifiant unique et au moins un terme en français, parfois des synonymes. Pour une grande partie, les concepts sont proposés dans leur version anglaise. Des définitions et des équivalents dans d’autres vocabulaires sont aussi disponibles.

Nous vous présentons les données et services disponibles, quelques cas d’utilisation et indique comment accéder au service. Lire la suite

SKOS, un allié pour les principes FAIR

Découvrez le premier volet de notre série autour autour de SKOS, un modèle RDF standard pour représenter et échanger des vocabulaires simples.

En effet, les vocabulaires et autres référentiels terminologiques jouent un rôle important dans le cycle de vie de la donnée et contribuent à la mise en œuvre des principes FAIR.

Ils permettent de documenter les objets étudiés, les variables enregistrées dans les bases de données, les méthodes utilisées dans le cadre des expérimentations… Ils facilitent la recherche et la réutilisation des jeux de données et des publications par exemple. Les vocabulaires participent également à réaliser l’interopérabilité sémantique des objets numériques et des systèmes d’information qui les stockent et les exposent. Ils permettent de savoir si deux systèmes font référence ou non à une même notion. Pour qu’ils puissent remplir pleinement ces différents rôles, les vocabulaires doivent être représentés selon un modèle standard. Ils doivent aussi être partagés avec la communauté dans des portails dédiés qui facilite leur réutilisation et leur interconnexion.

En collaboration avec le projet ANR FooSIN, nous avons choisi de nous intéresser à SKOS car :

  • c’est un modèle créé par le W3C plutôt simple à comprendre,
  • suffisamment expressif pour gérer des listes et des hiérarchies de concepts,
  • il permet le multilinguisme,
  • il est assez facile à intégrer aux systèmes d’information et
  • bien adapté pour travailler avec des API,
  • il a gagné une certaine popularité au sein des communautés scientifiques.

SKOS : un standard pour une ressource sémantique simple et FAIR

Dans ce premier volet de la série, découvrez en quoi SKOS peut contribuer à votre démarche de mise en œuvre des principes FAIR. Cette ressource vous propose également une introduction à SKOS.

Lire l’article SKOS : un standard pour une ressource sémantique simple et FAIR

La version 1.3 du Thésaurus INRAE est disponible

Une nouvelle livraison du thésaurus INRAE (V1.3) est disponible depuis le 31 mai 2022. Le thésaurus est consultable en ligne ici.

Cette version propose près de 15 700 concepts et plus de 3 000 alignements réalisés vers d’autres ressources : GEMET, Agrovoc, MeSH (nouveau) et French Crop Usage.

Dans l’onglet « Nouveautés »  vous retrouvez les derniers concepts créés.

Dans l’onglet « Groupes »  sont présentées les collections qui permettent d’afficher des listes de concepts pour des besoins spécifiques. A ce jour trois collections sont proposées :  Bois et Forêt, Science Ouverte, Disciplines, et deux collections permettent de retrouver les concepts alignés avec d’autres vocabulaires et les concepts pour lesquels une définition est disponible, reflétant le travail d’enrichissement en cours.

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Nouvelle URL pour l’espace Vocabulaires Ouverts dans Data INRAE

L’espace dédié à la publication de vocabulaires (ontologies, thésaurus, glossaires…) sur Data INRAE change d’adresse et de visuel.

Vocabulaires Ouverts @INRAE

https://data.inrae.fr/dataverse/vo-inrae

Suite à la fusion Inra-Irstea, l’ancien service « Lovinra » avait changé de nom pour « Vocabulaires Ouverts@INRAE ». A l’époque, il ne nous avait pas été possible de modifier l’identifiant https://data.inrae.fr/dataverse/lovinra dans Data INRAE. Dans un souci d’harmonisation et puisque cela est désormais possible, nous réalisons ce changement aujourd’hui.

La nouvelle URL de l’espace est https://data.inrae.fr/dataverse/vo-inrae

Merci de penser à modifier ce lien dans les pages web ou les documents y faisant référence ainsi que dans vos procédures automatiques de dépôt si vous en utilisez. Pour les sites web, vous pouvez utiliser l’outil W3C Link Checker qui permet de détecter des liens morts.

Offres de stages : vocabulaires FAIR

Le projet D2KAB propose plusieurs offres de stage dans le cadre du développement d’AgroPortal – un portail de ressources sémantiques pour l’agronomie –  à Montpellier entre MISTEA (INRAE) et le LIRMM (Université de Montpellier).

Ces offres s’adressent à des étudiants de licence ou master en informatique (développement logiciel/web, DevOps, recherche) ou gestion de données scientifiques (documentation, data librarian) et peuvent parfois déboucher sur des offres en CDD.

Sujet 1. Activités DevOps pour la plateforme AgroPortal

Sujet 2. Activités de développement web sur AgroPortal

Sujet 3. Développement d’un plugin Protégé pour l’édition, l‘extraction et la validation de métadonnées pour des ontologies

Sujet 4. Gestion et administration du contenu et des métadonnées dans AgroPortal

Sujet 5. Comparaison d’outils de FAIRness assessment pour les ontologies et ressources sémantiques

Sujet 6. Machine-learning based automatic assignment of Semantic Types to ontology concepts

Description des offres et candidature 

Nouveaux contenus

Découvrez les pages ajoutées récemment sur notre site Vocabulaires Ouverts.

Concernant le thésaurus INRAE, 3 nouvelles pages :

Découvrez d’Autres référentiels terminologiques à connaître couvrant un ou plusieurs domaines d’intérêt pour INRAE. A retrouver depuis le menu « Ressources » du site.

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