Tester la qualité et la FAIRitude d'un vocabulaire

Vous trouverez sur cette page une liste d’outils et méthodes pour évaluer la qualité d’un vocabulaire en OWL ou en SKOS. Ils sont utiles pour tester une ressource que vous avez développée ou que vous souhaitez réutiliser. 

Evaluer la qualité d'un vocabulaire en SKOS

Ces outils vous aideront à identifier et éviter les erreurs courantes de modélisation et d’implémentation d’un vocabulaire SKOS.  

Skos Play! Tester

Pour les vocabulaires SKOS (formats acceptés : .rdf, .ttl, .nt, .n3, .trig, .trix).
SKOS Play! Tester vous permet de valider la structure et le contenu d'un vocabulaire SKOS selon 27 critères basés sur les spécifications du standard SKOS et l'outil qSKOS qui implémente les règles de conformité. SKOS Play! est une interface web sur laquelle l'utilisateur charge un fichier ou indique une url. L'outil analyse le code SKOS et indique avec précision les erreurs et points d'amélioration possibles.

SKOS Play!

Evaluer la qualité d'une ontologie en OWL

Ces outils vous aideront à identifier et éviter les erreurs courantes de modélisation et d’implémentation d’une ontologie. En particulier, ils permettent d’évaluer si une ontologie est conforme aux formalismes définis par la communauté comme RDF ou OWL. 

OntOlogy Pitfall Scanner!

Pour les ontologies en OWL.
OOPS! est un outil de test en ligne, indépendant de l'éditeur d'ontologie utilisé, qui permet de s'assurer qu'une ontologie respecte les contraintes de OWL. Indiquez l'URL à laquelle l'ontologie est accessible (dans un entrepôt, sur une forge...)  et l'outil effectuera un grand nombre de vérifications. Vous pouvez aussi coller le code RDF directement dans le formulaire. Un outil accessible, facile à utiliser et à comprendre pour les utilisateurs qui ne sont pas des experts en technologies sémantiques. En outre, les fonctionnalités d'OOPS ! peuvent être intégrées dans des systèmes externes grâce au service web disponible.

OOPS!

Savoir à quel point un vocabulaire est FAIR

Ces outils vous aideront à calculer un score de correspondance avec les principes FAIR pour votre vocabulaire et identifier des pistes pour améliorer vos pratiques. Nous présentons ici des outils proposant des métriques et conseils spécialisés pour les vocabulaires. Par ailleurs, le fait d’utiliser SKOS permet de répondre à plusieurs des principes FAIR.

Avertissement : ces outils et les critères qu’ils implémentent sont récents et encore en cours de développement. Ils peuvent présenter des biais ou des résultats partiels. 

SKOS et les principes FAIR
agroportalFAIRradar

O’FAIRe

Pour les ontologies OWL et OBO et le vocabulaires SKOS.
Service web conçu pour évaluer la conformité des vocabulaires aux principes FAIR. Il est intégré à la solution Ontoportal et disponible sur les entrepôts de ressources sémantiques Agroportal, SIFR BioPortal, EcoPortal et IndustryPortal. Le vocabulaire doit être déposé en mode publique ou privé sur un de ces entrepôts.
L'outil teste 61 critères basés sur la grille SHARC, le FAIR Data Maturity Model, LOD 5-star (Tim Berners-Lee), les recommandations MIRO et FAIRsFAIR ainsi que les travaux de Poveda et al. adaptés aux vocabulaires. Il s’appuie sur aussi sur Metadata for Ontology Description and Publication Ontology (MOD1.4) pour les métadonnées.

O'FAIRe sur AgroPortal
O'FAIRe (github)

FOOPS!

Pour les ontologies OWL et le vocabulaires SKOS.
FOOPS! est un service web conçu pour évaluer la conformité des vocabulaires ou des ontologies aux principes FAIR. Le vocabulaire doit être accessible en ligne pour pouvoir être testé.
Complémentaire à l'outil OOPS! qui évalue la qualité intrinsèque de l'ontologie, FOOPS! vérifie 24 critères relatifs aux principes FAIR dont certains ont été adaptés aux ressources sémantiques.

FOOPS!

D’autres outils peuvent aussi être mobilisés comme FAIR-checker et F-UJI pour évaluer le niveau de FAIRitude. Ces outils, destinés à évaluer des jeux de données, proposent donc une approche plus générique que les outils listés ci-dessus. Visitez la page du projet FooSIN pour en savoir plus et accéder aux outils.

FooSIN
  • Amdouni E., Jonquet,C. FAIR or FAIRer? An integrated quantitative FAIRness assessment grid for semantic resources and ontologies. 15th International Conference on Metadata and Semantics Research (MTSR 2021), Nov 2021, Madrid, Spain. pp.67-80, ⟨10.1007/978-3-030-98876-0_6⟩.
  • Bahim, C., Casorrán-Amilburu, C., Dekkers, M., Herczog, E., Loozen, N., Repanas, K., Russell, K. and Stall, S., 2020. The FAIR Data Maturity Model: An Approach to Harmonise FAIR Assessments. Data Science Journal, 19(1), p.41. DOI: https://doi.org/10.5334/dsj-2020-041
  • Cox SJD, Gonzalez-Beltran AN, Magagna B, Marinescu MC. Ten simple rules for making a vocabulary FAIR. PLoS Comput Biol. 2021 Jun 16;17(6):e1009041. doi: 10.1371/journal.pcbi.1009041. PMID: 34133421; PMCID: PMC8238180.
  • David, R., Mabile, L., Specht, A., Stryeck, S., Thomsen, M., Yahia, M., Jonquet, C., Dollé, L., Jacob, D., Bailo, D., Bravo, H., Gachet, S., Gunderman, H., Hollebecq, J.-E., Ioannidis, V., Le Bras, Y., Lerigoleur, E., Cambon-Thomsen, A., & SHARC Community. (2020). Templates for FAIRness evaluation criteria – RDA-SHARC ig (1.1) [Data set]. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.3922069
  • Hugo, W., Le Franc, Y., Coen, G., Parland-von Essen, J., & Bonino, L. (2020). D2.5 FAIR Semantics Recommendations Second Iteration (1.0). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.5362010
Skos Play! Tester
  • Mader, C., Haslhofer, B., & Isaac, A. (2012). Finding Quality Issues in SKOS Vocabularies. In Theory and Practice of Digital Libraries (pp. 222–233). Springer Berlin Heidelberg. 10.1007/978-3-642-33290-6_25. https://arxiv.org/abs/1206.1339
OOPS! O’FAIRe
  • Amdouni E., Bouazzouni S., Jonquet, C. O’FAIRe: Ontology FAIRness Evaluator in the AgroPortal semantic resource repository. ESWC 2022 – 19th Extended Semantic Web Conference, Poster and demonstration., May 2022, Hersonissos, Greece. ⟨10.1007/978-3-031-11609-4_17⟩.
  • Amdouni E., Bouazzouni S., Jonquet, C. O’FAIRe makes you an offer: Metadata-based Automatic FAIRness Assessment for Ontologies and Semantic Resources. International Journal of Metadata, Semantics and Ontologies, 2022, 16 (1), pp.16-46. ⟨10.1504/IJMSO.2022.131133⟩.
FOOPS! FAIR-checker
  • Gaignard, A., Rosnet, T., de Lamotte, F., Lefort, V., & Devignes, M. (2023). FAIR-Checker: supporting digital resource findability and reuse with Knowledge Graphs and Semantic Web standards. Journal of Biomedical Semantics, 14. https://doi.org/10.1186/s13326-023-00289-5
  • Rosnet, Thomas, Lefort, Vincent, Devignes, Marie-Dominique, & Gaignard, Alban. (2021). FAIR-Checker, a web tool to support the findability and reusability of digital life science resources. JOBIM (JOBIM), Paris. https://doi.org/10.5281/zenodo.5914307
F-UJI FAIR Aware
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