Un accès programmatique public à la taxonomie officielle des virus ICTV
Destiné à une utilisation dans des applications, bases de données ou pipelines, il permet notamment de rechercher des taxons, d’en récupérer la lignée et de relier d’anciens noms ou identifiants à la classification actuelle. Cette approche pourra également intéresser celles et ceux qui travaillent sur l’intégration et la gestion de référentiels scientifiques évolutifs.
La connexion sémantique entre les différentes versions de la taxonomie des virus repose sur une ontologie unifiée. Les représentations successives des taxons y sont reliées explicitement, ce qui permet de suivre leurs ajouts, renommages, fusions, scissions et déplacements dans la hiérarchie taxonomique, une nouvelle version de cette taxonomie de référence étant publiée chaque année. On peut citer, par exemple, l’ajout récent de Budvirus rimovense ou le renommage de Lake Sinai virus 2 en Sinaivirus sinaiense. L’ontologie peut être explorée dans l’Ontology Lookup Service de l’EMBL-EBI : https://www.ebi.ac.uk/ols4/ontologies/ictv
Une table de correspondance entre les identifiants ICTV et NCBI Taxonomy est également fournie au format standard SSSOM. Elle est directement prise en charge par les bibliothèques d’aide à l’utilisation de cette API publique ICTV, disponibles en JavaScript, Python et PHP.
Des explications et des exemples d’utilisation sont disponibles ici : https://doi.org/10.1093/gigascience/giag089
L’information est également disponible dans la rubrique « Data Access » du site de l’ICTV : https://ictv.global/help/evora-api
Une réalisation du projet européen EVORA en collaboration avec l’ICTV