Thesaurus for Animal Physiology and Livestock Systems

Le thésaurus Triphase décrit finement les axes de recherche du département scientifique Physiologie animale et systèmes d’élevage (Phase) de l’Inra. A l’aide d’outils dédiés, il permet par exemple d’analyser ces axes dans l’ensemble des documents produits par les chercheurs et les ingénieurs du département et référencés dans la base bibliographique ProdInra (Inra).

Les termes de TriPhase ont été utilisés pour analyser la répartition des concepts et leur évolution au cours du temps dans les publications de 2009 à 2013 des chercheurs du département Phase. L’outil d’analyse stratégique ANStrat développé par l’unité Inra MaIAGE permet de formuler des requêtes croisées sur les concepts, les unités, les partenaires, les supports de publication et d’en visualiser les résultats. La navigation interactive à travers la structure de TriPhase permet d’analyser les thématiques à différents niveaux de généralité.

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Participez au futur thésaurus INRAE !

Le nouvel institut va se doter d’un thésaurus institutionnel pour indexer et annoter ses contenus (publications, sites web, jeux de données, etc.), faciliter la rédaction et la traduction, faciliter l’écriture de requêtes dans les bases de données, la production d’indicateurs bibliométriques, etc.

Le thésaurus sera structuré en 12 grands domaines eux-mêmes divisés en micro-thésaurus (voir le projet d’organisation dans la figure 1).

Figure 1: Projet de structuration du thésaurus INRAE

Ce projet porté par le pôle Numérique pour la Science (Num4Sci) de la Direction pour la Science Ouverte (DipSO), a besoin de volontaires pour classer les nombreux concepts au sein des micro-thésaurus. Des connaissances sur un ou deux sujet, un goût pour les mots et quelques heures de disponibilité suffisent. Les agents INRAE intéressés peuvent contacter Sonia Bravo et Sophie Aubin en utilisant le formulaire ou en leur écrivant directement à leur adresse INRAE.

Animal Health Ontology for Livestock

AHOL (Animal Health Ontology for Livestock) est une ontologie des caractéristiques définissant les problèmes de santé des animaux d’élevage dans leur environnement (EOL) liés à leurs phénotypes (ATOL). AHOL a pour but de :

  • fournir une ontologie de référence des traits de santé des animaux d’élevage pour les communautés scientifiques et éducatives internationales, agriculteurs, etc. ;
  • fournir cette ontologie de référence dans un langage utilisable par les ordinateurs pour par exemple, la gestion des bases de données, l’analyse sémantique et la modélisation ;
  • rendre l’ontologie AHOL aussi opérationnelle que possible et étroitement liée aux techniques de mesure ;
  • structurer l’ontologie en relation avec la production animale

Cette ontologie est en relation avec ATOL et EOL.

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PO² Dairy gels

PO² Dairy Gels est une spécialisation de la Process and Observation Ontology appliquée aux gels laitiers. Elle est utilisée dans des projets de recherche visant à formuler des produits bien équilibrés (par exemple, moins de matières grasses, de sucre et de sel) avec des qualités sensorielles acceptables pour le consommateur tout en utilisant un processus de production respectueux de l’environnement.

[image: ©SLAGMULDER Christian – Inra]

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Woody Plant Ontology

L’ontologie des plantes ligneuses (Woody Plant Ontology) énumère les variables de référence utilisées pour les expérimentations et les observations sur les plantes ligneuses (arbres et arbustes forestiers, et dans certains cas arbres fruitiers). Créée par l’URGI, elle est issue d’une initiative internationale basée sur différentes communautés (française, portugaise et européenne). Les termes sont recueillis auprès de diverses sources et organisés selon la norme Crop Ontology où chaque variable est composée d’un triplet :

  1. un caractère, le caractère étudié,
  2. une méthode, le protocole de mesure et
  3. une échelle, l’unité de mesure ou l’échelle de notation.

[image: ©Jean-Marie BOSSENNEC – Inra] Continuer la lecture

ANR D2KAB : Jobs et sujets de thèse en web sémantique

Dans le cadre du projet ANR D2KAB (Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity), dont l’INRA est partenaire, plusieurs postes sont ouverts dans le domaine du web sémantique au LIRMM à Montpellier, France: http://d2kab.strikingly.com/#positions

Deux postes (minimum 18 mois) pour travailler sur la plateforme AgroPortal, un portail d’ontologies et de vocabulaires en agronomie:

  • Ingénieur de recherche / développeur (web sémantique, service à base d‘ontologies)
  • Postdoc (gestion et alignement d’ontologies)

Deux sujets de thèses (entre autre ouverts au concours de l’école doctorale):

  • Doctorat (alignement d’ontologies et graphe de propriétés)
  • Doctorat (liage de données et enrichissement)

N’hésitez pas à nous contacter pour plus d’information. Les candidatures se font via le lien fourni.

Embarquez les métadonnées avec votre vocabulaire

https://rsnijders.info/vakblog/category/metadata/

Afficher les métadonnées dans un portail, c’est bien. Mais c’est encore mieux lorsqu’elles sont intégrées dans le fichier RDF de votre vocabulaire.

De cette façon :

  • les métadonnées peuvent s’afficher dans l’éditeur, e.g. Protégé, ou l’outil de visualisation (s’il le permet)
  • il est plus facile de conserver une cohérence à chaque nouvelle version: lorsque vous éditez le contenu du vocabulaire, vous pensez à mettre à jour les métadonnées
  • cela peut vous éviter de saisir plusieurs fois les métadonnées lorsque vous enregistrez votre vocabulaire dans des entrepôts et des catalogues. Pour cela,  l’entrepôt ou le catalogue doit être capable d’interpréter l’en-tête de votre fichier. Vos métadonnées doivent donc être exprimées selon un modèle standard, compris par le portail. C’est le cas pour les métadonnées proposées par Digitalist qui sont interopérables, autrement dit compatibles avec AgroPortal (malheureusement pas avec Data Inra).

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