L’ontologie du noyer (Walnut Trait Ontology)


L’ontologie du noyer rassemble les traits et variables phénotypiques pour l’évaluation du noyer.

Ces caractères concernent la phénologie, la noix en coque et le cerneau. Ils proviennent des Descripteurs de la noix, IPGRI, 1994 ou ont été adaptés ou développés par Eric Germain.

Cette ontologie est utilisée dans le cadre d’essais de phénotypage menés à l’INRA de Bordeaux ainsi que sur les deux stations expérimentales de Creysse et de SENuRA, sur 150 accessions de noyer, entre 1965 et 2016. Ces données expérimentales ont été collectées dans l’objectif d’améliorer les connaissances pour mieux gérer les ressources génétiques. En outre, elles peuvent être utilisées pour des études phénologiques multi-site dans le contexte du changement climatique.

Terminologie des descripteurs des pains français

La terminologie AsCoPain-T définit les descripteurs qualité utilisés usuellement par les professionnels de la panification et ceux issus des travaux scientifiques. Son objectif est d’établir un lien entre terminologies professionnelles et scientifiques ; le langage employé pour caractériser les mêmes opérations de la transformation et les nécessaires observations de la pâte étant très varié. La terminologie AsCoPain-T est issue d’un travail préalable de recueil de connaissances dans le cadre du projet INRA AsCoPain qui a permis d’intégrer les relations entre des variables de contrôle du procédé de panification et des états de la pâte et du pain dans un système expert de prédiction de l’état de la pâte tout au long de l’opération de pétrissage. Ce travail a aussi produit un glossaire terminologique publié dans un document référencé par la FAO (voir http://prodinra.inra.fr/record/48319). L’adaptation de son contenu aux standards du web sémantique permet d’envisager de nouveaux usages de la terminologie, notamment son utilisation par des programmes informatiques. La terminologie est disponible en français et une version en anglais est en projet.

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DOI : 10.15454/1.5077147058936785E12

Animal Diseases Ontology

L’ontologie des maladies animales est un référentiel de maladies touchant des animaux de rente et d’agents pathogènes ainsi que des relations qu’ils entretiennent. Ce référentiel est en français avec des équivalents anglais. Il contient plus de 500 couples maladie-hôtes et plus de 500 agents pathogènes associés. Il a été constitué au fil des ans par un travail de veille réglementaire à l’INRA.

Une particularité est qu’il existe un concept pour chaque paire maladie-hôte (hôte pouvant être « bovin » ou un groupe comme « ovin-caprin »). Deux raisons expliquent ce choix: 1) il peut exister des dénominations particulières pour une maladie touchant un hôte particulier, e.g. « stonebrood » pour l’Aspergillose chez les abeilles; 2) nous avons choisi de conserver l’organisation d’origine de la base réglementaire dont le contenu diverge d’un hôte à l’autre pour une même maladie.

DOI : 10.15454/1.44525654526207E12

Thésaurus AnaEE (anaeeThes)

The anaeeThes thesaurus aims at providing a controlled vocabulary for the semantic description of the study of continental ecosystems and their biodiversity. It has been developed within the framework of the AnaEE-France infrastructure through an iterative process combining both top down and bottom up approaches: import of concepts from other thesauri and collection of concepts used in the AnaEE data bases and/or modeling platforms.

The thesaurus consists of concepts handled in different main thematic areas:

  • Abiotic (atmosphere, climate, hydrosphere, litosphere, …)
  • Biotic (animals, plants, micro-organisms, biodiversity, …)
  • Chemical compounds
  • Experimentation and observation (instrument, method, protocol, measurement, quality, infrastructure …)
  • Ecosystems (type, structure, functioning …)
  • Modeling (formalism, platform, type of model, computer language …)
  • Disciplines (disciplinary and scientific fields)
  • Unit (units of the international system, inherited from the OBOEstandards ontology)

anaeeThes contains 12 top concepts. It contains nearly 3320 concepts, of which about 1500 are also offered in French. 360 concepts are inherited from the OBOE-standards ontology, while 748 concepts about soils and their characteristics were created using the « Référentiel pédologique 2008 – AFES» and  « World reference base for soil resources 2006 – FAO ». Approximately 400 concepts are mapped to Agrovoc and  280 to Gemet thesauri. Approximately 480 concepts have a definition.The hierarchy offers up to 8 depth levels.

Although the headings of the first and second levels are now stable, it is still evolving, especially on the issue of translation and mapping/alignment.

The Thesaurus is licensed under the CC-BY 4.0


Download the thesaurus from Data Inra : https://doi.org/10.15454/1.4894016754286177E12.

Browse and download it from AgroPortal : http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/ANAEETHES

DOI : 10.15454/1.4894016754286177E12

Gestion des connaissances en agroécologie

Gestion des connaissances en agroécologie (GECO) est une ontologie d’application décrivant et organisant les connaissances permettant de concevoir des systèmes de culture innovants. Elle est utilisée pour organiser les connaissances dans le portail GECO Ecophyotpic : https://geco.ecophytopic.fr/

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DOI : 10.15454/1.4822495904463706E12

Process and Observation Ontology

A core ontology for modeling transformation processes and their observations. PO2 is part of an interdisciplinary project called Delicious concerning the production and transformation processes in food science. The project combines data from different disciplines like food composition, food structure, sensorial perception and nutrition.

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DOI : 10.15454/1.4702114192525708E12