CDD 24 mois Chef de projet Science Ouverte, métadonnées et ontologies

Rejoignez INRAE et contribuez à un projet européen enthousiasmant !

Le projet FAIR-IMPACT soutient la mise en œuvre de pratiques, d’outils et de services FAIR dans les communautés scientifiques au niveau européen, national et institutionnel dans le contexte du développement de l’EOSC (European Open Science Cloud).

Vous serez amené à :

  • Conduire/animer une partie de la collaboration des partenaires de FAIR-IMPACT, y compris l’organisation de réunions, la rédaction de notes, de rapports et de livrables.
  • Vous engager dans les « activités », groupes de travail et réseaux de l’European Open Science Cloud.
  • Encourager et soutenir les nouveaux adoptants des technologies sémantiques, des ontologies et des métadonnées, y compris dans d’autres domaines thématiques.
  • Travailler avec les utilisateurs et les partenaires sur la conception de leurs artefacts sémantiques et leur intégration/gestion dans les catalogues.
  • Communiquer et diffuser les résultats du projet, y compris par des présentations/conférences et par la rédaction d’articles.
  • Participer au développement et/ou à la gestion de l’AgroPortal.
  • Superviser des stagiaires.

Découvrez le profil complet sur https://jobs.inrae.fr/en/ot-16522  

CDD Ingenieur portail ontologies pour le systeme Terre et l’Environnement (Cnrs)

Contexte

Les vocabulaires et les ontologies sont des éléments clés pour assurer l’interopérabilité des données.  Dans le cadre du projet européen FAIR-IMPACT, l’infrastructure de recherche DATA TERRA va développer un portail d’artefacts sémantiques de référence pour le Système Terre et l’Environnement (EarthPortal). Pour mettre en place cette plateforme, nous utiliserons la technologie  OntoPortal, développé à Stanford pour le projet NCBO BioPortal, et nous collaborerons avec l’INRAE et le l’université de Montpellier qui ont développé et maintiennent l’AgroPortal.
Les artefacts sémantiques référencés sur la plateforme devront ensuite être alignés entre eux, et avec les standards utilisés dans le contexte européen (ex : GeoDcat-AP). Un outil d’évaluation de la FAIRness des artefacts sémantique sera proposée afin d’être en accord avec les directives européennes et françaises. Cet outil sera basé sur l’outil O’FAIRe développé par l’équipe d’AgroPortal.
Enfin, la plateforme sera connectée au service « Entrepôt de Données de Data Terra » afin de valider l’utilisation de cette plateforme pour améliorer l’indexation et la recherche des données.

Mission

La personne sera recrutée dans le cadre du projet Horizon Europe FAIR-IMPACT. Ses activités se dérouleront essentiellement dans le work-package « Metadata and Ontologies ». Dans ce cadre, il/elle devra mettre en place la plateforme EarthPortal, développer des fonctionnalités de gestion, d’alignement d’ontologies et d’évaluation de la FAIRness et connecter la plateforme avec l’entrepôt de données Data Terra.
Nous réutiliserons la technologie développée par le National Center for Biomedical Ontologies de l’Université de Stanford: l’application Web OntoPortal mise à disposition via sa machine  virtuelle (https://ontoportal.org).
En nous appuyant également sur l’expérience et la technologie développées par nos partenaires, nous ferons d’EarthPortal une plate-forme de référence pour l’extraction, la génération, la validation, l’évaluation, le stockage et la récupération d’alignement entre ontologies, cela en adoptant une approche Web sémantique et de données ouvertes et liées, et en engageant la communauté.
Votre rôle consistera à la fois à mettre en place la plateforme et à analyser les décisions techniques nécessaires au développement de nouvelles fonctionnalités. Vous aurez pour mission de :

  • Mettre en place, gérer et administrer la plateforme EarthPortal et l’outil d’évaluation de la FAIRness des artefacts sémantiques, en collaboration avec les équipes de l’AgroPortal et de l’OntoPortal.
  • Travailler à l’intégration des artefacts sémantiques des différents pôles de données de Data Terra et plus largement des communautés du Système Terre et de l’Environnement.
  • Faciliter l’interopérabilité des différents artefacts sémantiques (vocabulaires, thesaurus, ontologies, schémas de métadonnées, …) dans le EarthPortal.
  • Travailler avec l’équipe de développement de l’entrepôt de données DATA-TERRA pour connecter l’EarthPortal à l’entrepôt.
  • Encadrer des stages techniques dans ce cadre.

Technologies

Développement Web et full stack, Java/JEE, TypeScript, Ruby/Rails, RESTful web services, XML/JSON, technologies Web (HTML5, Bootstrap, JavaScript), technologies du Web sémantique (OWL, RDF, SPARQL, triplestore, Linked data), technologie OntoPortal.

Référentiels GitHub pour plus de détails:

Profil

Nous recherchons un ingénieur et/ou un développeur full stack motivé, curieux et intéressé, possédant une expérience dans le développement d’applications Web pour développer et gérer la plateforme. Le candidat sera titulaire d’un diplôme d’ingénieur ou d’un master en informatique. Le candidat démontrera des aptitudes ou des correspondances avec le plus des aspects suivants :

  •  Développeur Web possédant une expérience de développement et connaissant bien les services Web REST / JSON, les technologies JEE, Ruby / Ruby On rails, Bootstrap, TypeScript. Quelques connaissances DevOps.
  • Motivation pour les travaux exploratoires en relation avec les scientifiques dans le cadre d’un projet européen.
  • Expérience des technologies du Web sémantique, notamment JSON-LD / RDF / OWL / SKOS / SPARQL
  • Une connaissance et/ou expérience dans le domaine du Système Terre et de l’Environnement est préférable
  • Excellentes capacités de travail à distance (emails, trackers, outils de collaboration, etc.)
  • Excellente aptitude à travailler avec les autres et à impliquer des utilisateurs externes
  • Très bonne maîtrise du français et de l’anglais à l’oral et à l’écrit
  • Autonomie et initiative, prise de décisions techniques dans le cadre du projet et justification des choix
  • Développeur open source
  • Personne sympathique pour rejoindre une petite équipe de recherche à Montpellier

Employeur : CNRS
Contexte : Projet FAIR-IMPACT (www.fair-impact.eu)
Durée : 20 mois (avec extensions possibles)
Où : IR Data Terra- UAR CPST, Montpellier, France
Collaboration : MISTEA (INRAE), LIRMM (UMontpellier), BMIR (Stanford, USA)

Contact : christelle.pierkot@data-terra.org

Pour postuler : https://emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/UAR2013-KARLEJ-012/Default.aspx

 

Offres de stages : vocabulaires FAIR

Le projet D2KAB propose plusieurs offres de stage dans le cadre du développement d’AgroPortal – un portail de ressources sémantiques pour l’agronomie –  à Montpellier entre MISTEA (INRAE) et le LIRMM (Université de Montpellier).

Ces offres s’adressent à des étudiants de licence ou master en informatique (développement logiciel/web, DevOps, recherche) ou gestion de données scientifiques (documentation, data librarian) et peuvent parfois déboucher sur des offres en CDD.

Sujet 1. Activités DevOps pour la plateforme AgroPortal

Sujet 2. Activités de développement web sur AgroPortal

Sujet 3. Développement d’un plugin Protégé pour l’édition, l‘extraction et la validation de métadonnées pour des ontologies

Sujet 4. Gestion et administration du contenu et des métadonnées dans AgroPortal

Sujet 5. Comparaison d’outils de FAIRness assessment pour les ontologies et ressources sémantiques

Sujet 6. Machine-learning based automatic assignment of Semantic Types to ontology concepts

Description des offres et candidature 

Plusieurs postes dans le cadre du projet ANR D2KAB

Le projet ANR D2KAB (auquel participe le pôle Num4Sci de la DipSO) et qui s’intéresse à la transformation des données en connaissances en agronomie et biodiversité offre plusieurs postes sur le web sémantique, les données liées, les graphes de connaissances, la fouille de texte …: http://www.d2kab.org  (section « Positions »)

Stages :

  • Enrichissement de graphes de connaissances dans le domaine de l’agriculture biologique (INRAE-TSCF, Clermont-Ferrand)
  • Fouille de texte pour extraction de terminologies agricoles (INRAE-TSCF, Clermont-Ferrand)
  • Représentation des connaissances et raisonnement pour la découverte de nouvelles connaissances (INRAE-MaIAGE, Jouy-en-Josas)
  • Liage de jeux de données complémentaires à l’aide de méthodes d’augmentation de bases de connaissances (UM-LIRMM/IRD, Montpellier)
  • Vérification de la qualité et raisonnement sur les données issues de la plateforme AgroLD (UM-LIRMM/IRD, Montpellier)
  • Conception et réalisation d’un outil de recommandation de ressources sémantiques en agriculture (UM-LIRMM/INRAE-MISTEA, Montpellier)
  • Développement d’un plugin Protégé pour l’extraction, la prédiction et l’édition de métadonnées pour des ontologies (UM-LIRMM/INRAE-MISTEA, Montpellier)
  • Conception et réalisation d’un éditeur de Ressource Termino-Ontologique (INRAE-IATE, Montpellier)

Ingénieur d’étude :

  • Fouille pour l’extraction de terminologies agricoles (INRAE, Clermont-Ferrand)
  • Développeur full stack (application Web, Ruby/Rails, Java, Web sémantique) (LIRMM, Montpellier)

Postdoc/chercheur :

  • Chercheur en Web sémantique (I3S/Wimmics, Sophia-Antipolis)

Concours pour bourse de doctorat :

  • Ontology alignment in agronomy and biodiversity by building and leveraging ontology-based background resources based on property graphs. (UM-LIRMM/INRAE-MISTEA, Montpellier)
  • Complementary datasets linking by means of knowledge graph augmentation and multimodal embeddings (UM-LIRMM/IRD/INRAE-MISTEA, Montpellier)

Chaque poste est décrit par une fiche sur le site de D2KAB: http://www.d2kab.org/ avec les précisions pour postuler ainsi que les contacts.

Poste : Analyste fonctionnel pour l’ingénierie des connaissances

CDD 15 mois – Ingénieur d’étude

Informations

Employeur : Institut National de la Recherche en agriculture, alimentation et environnement (INRAE)
Contexte : Service Thésaurus INRAE (3 mois) et projet D2KAB (12 mois)
Quand : janvier 2021 – mars 2022
: Centre INRAE d’Angers ou Versailles, France
Collaboration : LIRMM (univ-Montpellier), autres unités INRAE (France)
Salaire : Le recrutement se fait en qualité d’agent contractuel d’INRAE, sur des fonctions d’ingénieur d’études (IE). Prise en charge à 50% des frais de transport en commun, accès au restaurant d’entreprise et repas subventionné. Continuer la lecture

Poste AI/IE en Développements techniques et méthodologiques pour l’interopérabilité sémantique

La Direction pour la Science Ouverte recrute dans le cadre de la campagne de mobilité « Métier d’Avenir ». Les Métiers d’Avenir sont des emplois qui ont pour objectif de répondre à un besoin institutionnel identifié, à moyen ou long terme. Ils permettent d’offrir aux agents INRAE des parcours de mobilité sur le long terme avec acquisition de nouvelles compétences nécessaires au besoin ciblé.

L’unité DipSO, Direction pour la Science Ouverte, recrute un(e) Assistant-Ingénieur ou  Ingénieur(e) d’Etude en « Développements techniques et méthodologiques pour l’interopérabilité sémantique »  au sein du pôle Numérique pour la Science. Le  pôle,  composé  d’une  vingtaine  d’agents (architectes système et VRE, développeurs, ontologues, documentalistes…), est chargé de mettre en œuvre des solutions numériques pour et avec les communautés INRAE dans la démarche de Science Ouverte porté par la DipSO. Le poste sera de préférence à Versailles mais d’autres localisations sont envisageables. Continuer la lecture

Poste de chargé-e de recherche en apprentissage et Traitement Automatique des Langues à INRAE

Un poste de chercheur (CRCN) en méthodes d’apprentissage automatique pour le traitement automatique de la langue et l’extraction d’information à partir de textes est ouvert aux concours 2020 dans l’équipe Bibliome de l’unité MaIAGE (Mathématiques en Informatique Appliquées du Génome à l’Environnement) d’INRAE (Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement) à Jouy-en-Josas (78).

* Clôture des candidatures : *5 mars 2020*

* Descriptif du poste CRCN20-NUMM-2 : https://jobs.inrae.fr/concours/concours-charges-recherche-classe-normale-h/f/crcn20-numm-2

* Modalités de candidature : https://jobs.inrae.fr/concours/concours-charges-recherche-classe-normale-h/f

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ANR D2KAB : Jobs et sujets de thèse en web sémantique

Dans le cadre du projet ANR D2KAB (Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity), dont l’INRA est partenaire, plusieurs postes sont ouverts dans le domaine du web sémantique au LIRMM à Montpellier, France: http://d2kab.strikingly.com/#positions

Deux postes (minimum 18 mois) pour travailler sur la plateforme AgroPortal, un portail d’ontologies et de vocabulaires en agronomie:

  • Ingénieur de recherche / développeur (web sémantique, service à base d‘ontologies)
  • Postdoc (gestion et alignement d’ontologies)

Deux sujets de thèses (entre autre ouverts au concours de l’école doctorale):

  • Doctorat (alignement d’ontologies et graphe de propriétés)
  • Doctorat (liage de données et enrichissement)

N’hésitez pas à nous contacter pour plus d’information. Les candidatures se font via le lien fourni.