Publier un vocabulaire

INRAE s’est associé à AgroPortal, le portail de référence pour les ressources sémantiques en agronomie, agriculture, alimentation et biodiversité. Les liens indiqués ci-dessous concernent AgroPortal mais les instructions sont les mêmes pour les autres entrepôts, eux aussi sont basés sur la technologie OntoPortal. 

AgroPortal expose des ontologies, des thésaurus et des taxonomies aux formats OWL, OBO, SKOS et UMLS.

1. Se connecter

Vous devez disposer d’un compte. Pour le créer, aller sur : http://agroportal.lirmm.fr/accounts/new. Connectez-vous l’aide du bouton Login.

2. Déclarer une nouvelle ressource

Une fois que vous avez un compte et que vous êtes connecté, cliquez sur Browse dans le bandeau vert pour afficher la liste des ontologies référencées. Cliquez sur le bouton « Submit New Ontology ». 

Dans le formulaire qui s’affiche, il vous sera demandé de renseigner quelques métadonnées sur votre ressource, par exemple son nom, son acronyme, etc. Si vous ne voulez pas que le public voie votre ressource, vous pouvez la déclarer comme privée, puis indiquer quels comptes peuvent y avoir accès.

Indiquez une ou plusieurs catégories thématiques pour aider les visiteurs à retrouver votre ressource en fonction de leurs besoins.

Dans Agroportal, pour les ressources INRAE, choisissez le groupe « National Research Institute for agriculture, food and the environment ».

Ensuite, cliquez sur le bouton « Créer une ontologie« . Cela créera la page de résumé de votre ressource sémantique. Notez que jusqu’à présent, vous ne faites que décrire la ressource en termes généraux, sans soumettre de fichier spécifique.

3. Ajouter une première soumission

Enfin, sur la page de résumé, vous pouvez cliquer sur le lien « Ajouter une soumission« . C’est dans ce nouveau formulaire de soumission que vous pourrez indiquer l’emplacement du fichier à télécharger, ainsi que des éléments tels que la description, le numéro de version, etc. Si vous avez inclus des métadonnées dans votre fichier RDF, elles seront lues par Agroportal et, si elles sont compatibles, seront automatiquement chargées. Vous n’aurez pas à les ressaisir manuellement. Les éléments de métadonnées interprétables par Agroportal sont décrits dans l’article « Modèle de métadonnées dans un portail d’ontologies« , accessible sur HAL : ⟨lirmm-01397388⟩ ».  

Une fois que vous avez créé la soumission, vous pouvez accéder immédiatement à ses informations de base et éventuellement à ses classes, si elles ne sont pas trop nombreuses. L’indexation plus détaillée a lieu de manière asynchrone, éventuellement programmée la nuit. Si ce n’est pas le cas, contactez l’assistance via le formulaire accessible sur le site.

4. Compléter les métadonnées et les exporter

Vous avez la possibilité d’ajouter d’autres métadonnées dont le DOI que vous venez d’obtenir sur Data INRAE. Pour faciliter les futures mises à jour et l’utilisation de la ressource sémantique par des tiers, nous vous recommandons d’inclure les métadonnées dans le fichier de la ressource. Pour cela, utiliser un des boutons « Get my metadata back » correspondant au format de votre fichier. Attention à bien intégrer également la liste complète des préfixes RDF utilisés dans les métadonnées.

6. Faire une nouvelle soumission

Une fois les métadonnées intégrées à votre fichier, déposez-le à nouveau sur Agroportal en utilisant le lien « Ajouter une soumission ».

Loterre, est un portail proposé par l’Inist-CNRS pour partager des terminologies scientifiques multidisciplinaires et multilingues.

1. Prenez connaissance de la Charte de Loterre.
2.  Faites votre demande via le formulaire de proposition.

Recherche Data Gouv est à la fois un entrepôt (on y publie le contenu et les métadonnées) et un catalogue (on n’y publie que les métadonnées) .

Vocabulaires Ouverts dispose d’un espace dédié : Vocabulaires Ouverts (data.gouv.fr)

Créez un dataset.
Rendez-vous sur Vocabulaires Ouverts (data.gouv.fr) et connectez-vous à l’aide de votre LDAP. Cliquez sur le bouton « Ajouter des données » et choisissez « Nouveau dataset ».

Renseignez les premières métadonnées.
Remplissez le formulaire de dépôt comme pour n’importe quel jeu de données. Une aide contextuelle est disponible sur tous les champs de métadonnées. En cas de difficulté, consultez les guides de l’entrepôt Recherche Data Gouv.
Enregistrez les modifications. Vous venez de créer un version de travail (draft) de votre dataset.

Déposez le fichier
Si votre vocabulaire est déjà publié sur un entrepôt de confiance (ex: Agroportal, OBO Foundry), il n’est pas nécessaire de déposer le fichier sur Recherche Data Gouv. Indiquez alors un lien d’accès direct à votre vocabulaire dans la métadonnée « Link to Data ».

Complétez les métadonnées
Cliquez sur le bouton « Modifiez le dataset » puis « métadonnées ». Regardez en particulier la section « Semantic resource », qui propose des éléments de métadonnées spécifiques aux vocabulaires et compatibles avec l’entrepôt AgroPortal et le catalogue FAIRsharing.

Cliquez sur « Publier ».
Vous pouvez récupérer le DOI à utiliser pour citer votre vocabulaire.